.수원웨딩박람회종교재판에 처해지자 도망자 신세가 된 그는 프랑스로 넘어가 혁명 세력에 합류한 뒤 마드리드에 금의환향한 것이었다. 그는 이미 세 아이를 둔 가장으로 골수 나폴레옹주의자가 됐다. 고야는 이네스의 사정을 전하지만 로렌조는 태연하게도 오랜 수감 생활로 정신이 온전치 못해 치료가 필요하다며 이네스를 데려간다. 결국 로렌조는 이네스를 정신병원에 감금하고 태어나자마자 수도원에 맡겨진 그의 딸 알레시아(내털리 포트먼 1인 2역)를 찾는다.의정부웨딩홀숭고한 열망에서 출발한 인간도 권좌에 오르면 탐욕에 휩싸여 변질되기 마련이다. 영화는 사리사욕을 채우기 위해 남을 배척하는 인간의 속살을 담담하게 그린다. 그 과정에서 생긴 과오를 덮기 위해 상대의 자유를 탄압하니 이게 바로 공포정치다. 폴란드 아우슈비츠 수용소에서 부모를 잃고 공산 정권에서 민주화운동을 직접 겪은 노장 감독 밀로시 포르만은 고야의 유령’을 통해 자유를 억압하는 공포에 대한 엄중한 경고장을 날린다. 이 영화는 그가 생전 마지막 메가폰을 잡은 작품이기도 하다.결국 로렌조는 종교재판소에 다시 넘겨져 이네스와 고야, 딸 알레시아를 비롯한 많은 시민이 지켜보는 가운데 교수형에 처해진다. 로렌조의 시신이 실린 수레를 이네스가 따라가는 마지막 장면은 누가 구원자인지에 대해 묻고 있다. 프랑스 혁명군으로 인해 부패한 성직자들의 탄압에서 벗어나는가 싶었지만 ‘자유, 평등, 박애’라는 거창한 인본주의로 포장한 혁명군 또한 상대의 입장에서는로렌조는 ‘거리의 여자’로 거칠게 살아가는 알레시아를 미국으로 보내 영원히 비밀을 덮으려 하지만, 미심쩍었던 고야는 정신병원에서 이네스를 찾아내 모녀를 상봉시키려 한다. 그러나 로렌조의 사주를 받고 급습한 군대가 성매매업자들을 체포하는 바람에 뜻을 이루지 못한다. 그 사이 스페인으로 진격하는 영국 군대와 합심한 성난 스페인 국민들이 침략자를 처단하러 마드리드로 향한다. 영국군에 속수무책 당하는 프랑스군은 퇴각하기 바쁘다. 프랑스 군대에 의해 감옥에 갇혀 목숨을 구걸하던 스페인의 고위 성직자들은 모두 풀려나 다시 과거의 위엄을 되찾고, 로렌조는 줄행랑을 치다가 붙잡힌다. 자유를 꺾고 평등을 억누르고 박애를 밟는 점령군일 뿐이라고 영화는 말하는 듯하다.